En mayo de 1940, la ofensiva alemana interrumpe el esfuerzo de movilización que el CNRS había iniciado siete meses antes.
Sin embargo, la institución, que cuenta con unos cuarenta laboratorios y unos mil investigadores, ingenieros y técnicos, sobre todo concentrados en la región de París, alcanzó grandes logros. Entre ellos, figura el procedimiento de protección de los buques contra las minas magnéticas alemanas, propuesto por el joven físico Louis Néel, futuro premio Nobel en 1970. El Almirantazgo británico, que se disponía a continuar el combate, retoma el método.