En mai 1940, l’offensive allemande vient interrompre l’effort de mobilisation entrepris sept mois plus tôt par le CNRS.
L’établissement, qui compte près d’une quarantaine de laboratoires et un millier de chercheurs, ingénieurs et techniciens, surtout regroupés en région parisienne, s’est néanmoins acquitté de quelques belles réalisations. Parmi elles figure un procédé de protection des navires contre les mines magnétiques allemandes : œuvre d’un jeune physicien, Louis Néel, futur prix Nobel en 1970, la méthode est reprise par l’Amirauté anglaise qui s’apprête à poursuivre le combat.